Okulun eğitim–öğretime başlaması Cumhuriyet Döneminden önceki yıllara (1912) dayanır. Canlı ve yazılı kaynaklardan edinilen bilgilere göre 1912 yılında Devrekli İbrahim Bey idaresinde kurulmuştur. 1914 yılında bu günkü Kilimli Merkez Camii'nin yerinde bulunan eski bir camide Ali Osman Bey idaresinde eğitim - öğretime devam etmiştir. 1915–1917 arası Kilimli'nin değişik binalarında eğitim–öğretim yapmış olup, 1917 yılında iki derslikli olarak kendi binasında eğitime başlamış ve 1943 yılına kadar eğitim–öğretime devam etmiştir. 

Okulun ihtiyacı karşılayamaması nedeniyle okul müdürü Şükrü Yavuz Bey' in gayretleri, Ereğli Kömür İşletmesi (Türkiye Taş Kömürleri Kurumu) ve çevre halkının yardımları ile beş derslikli olarak yeni bir okul yapılmış ve 1943–1944 öğretim yılında Kilimli İlkokulu olarak hizmete girmiştir.

Okul 1953 yılında özelleştirilerek Ereğli Kömür İşletmesine devredilmiş ve E.K.İ Kilimli Özel İlkokulu adını almıştır. Tek katlı okul binasına 1955 yılında 4 derslik ilaveli ek bina yapılarak derslik sayısı dokuza çıkartılmıştır.

01/12/1982 tarihinde Milli Eğitim Bakanlığına devredilen okulumuz Kilimli Merkez İlkokulu adını almıştır. Tek katlı ve L şeklinde olan mevcut binanın eski ve yetersiz olması nedeniyle 1993 yılında eski binanın denize paralel olan bölümü yıkılarak yerine zemin +2 kat ve 12 derslikli ve çok amaçlı salonu bulunan yeni bir okul yapılmış ve 1994/1995 öğretim yılında hizmete girmiştir.

18/08/1997 tarih ve 23084 sayılı Resmi Gazetede yayımlanan 4306 sayılı kanunla zorunlu eğitimin sekiz yıla çıkartılması ile okulumuz yeni bir tüzel kişilik kazanmış ve adı Kilimli Merkez İlköğretim Okulu olarak değiştirilmiştir. 

2006/2007 yılına kadar ikili öğretim yapan okulumuz bu öğretim yılı içinde yapılan çalışmalar ve onarımlar neticesinde atıl durumda bulunan bölümlerin dersliğe çevrilmesi sonucu 13 derslik, 1 ana sınıfı, 1 Bilişim Teknolojileri sınıfı, 1 laboratuar ile 2007/2008 öğretim yılında normal öğretime dönmüştür.

02/02/2010 tarihinde Kilimli Merkez İlköğretim Okulu olan okulumuzun adı Başöğretmen Şükrü Yavuz İlköğretim Okulu olarak değişmiştir.

2012-2013 yılında İlkokul ve Ortaokul olarak iki kurum tek müdürlük altında Eğitim – Öğretime devam etmiştir.

2014-2015 Eğitim Öğretim yılından itibaren okulumuz okul dönüşümleri sonucunda ORTAOKUL olarak eğitim öğretime devam etmektedir.

Okul dönüşümleri sonucu Kilimli 100.Yıl Ortaokulu ve İsmet İnönü Ortaokulunda 5-6-7-8. sınıf öğrencileri okulumuza nakil olarak gelmiştir.